La plus part des renseignements sur le règne de Ninetjer proviennent de la Pierre de Palerme qui décrit également de nombreuses cérémonies religieuses. Selon Zbyněk Žába, le nom de Ninetjer se trouve dans une inscription sur la roche à Abu Handal en Nubie, ce qui peut être interprété comme une expédition militaire, mais il n'y a pas d'autre preuve pour étayer cette supposition. La période de trouble qui va suivre la mort de Ninetjer amène les égyptologues, comme Hans Wolfgang Helck, Nicolas Grimal et Barbara Bell, à penser que l'Égypte se divise en deux et va devenir pour un temps gouvernée par deux Rois. On ignore cependant à quel moment le pays éclate vraiment. Dans la deuxième liste royale d'Abydos (Temple de Ramsès II) les Rois Oueneg et Sénedj sont présentés tous les deux comme les successeurs de Ninetjer, un régnant à Thinis et l'autre à Memphis. Herman Alexander Schlögl et Hans Wolfgang Helck, précise que cette division n' a pu avoir lieue que sous le règne du Roi Sénedj.
Helck, Grimal et Bell avancent que lors de la fin du règne de Ninetjer une sécheresse sévère sur plusieurs années eut un impact profond sur l'ensemble du système politique de la fin de la IIe Dynastie. Des preuves concrètes de leur propos sont indiquées sur la Pierre de Palerme qui indique un faible niveau du Nil vers la fin du règne du Roi. Ce manque d'eau amène de graves pénuries alimentaires qui déclenchent d'importantes émeutes et la désintégration de l'État Égyptien. Les héritiers de Ninetjer auraient apparemment décidé de partager le pays en deux moitiés indépendantes, chacune avec un Roi. Selon ces égyptologues, si cette conjecture est correcte, Péribsen/Sekhemib est le Roi du Sud (Haute-Égypte) et Sénedj est celui du Nord (Basse-Égypte), car pour eux Péribsen/Sekhemib sont deux Rois différents qui se succèdent et ils assimilent Oueneg (le Roi suivant Ninetjer) à Sekhemib. De ces mêmes faits Henri Gauthier et Dietrich Wildung soupçonnent que Péribsen serait le même Roi que Sénedj. Ils appuient cette théorie d'après l'étude des Tables d'Abydos de l'époque Ramesside.
La tombe Ninetjer se situe à Saqqarah proche de la chaussée de la pyramide d'Ounas et se compose de plusieurs galeries qui sont reliées par un système de canaux complexes. Les galeries du tombeau présentent de grandes similitudes avec les tombes de Nebrê et Hotepsekhemoui, suggérant que Ninetjer s'en servit comme model. À Saqqarah il y a aussi des tombes privées de la haute noblesse, qui datent également du règne de Ninetjer. Parmi celles-ci, la tombe de Ruaben (Mastaba S2302), qui était surveillant des Sculpteurs du Roi, est exceptionnelle. Elle contenait un grand nombre de sceaux au nom de Ninetjer, ce qui à fait penser en premier lieu aux chercheurs qu'ils avaient trouvé la tombe du Roi et non celle d'un de ses fonctionnaires. En 2008, des excavations ont conduit à la découverte d'une autre tombe débouchant dans les chambres de la tombe Ninetjer, qui fut le Mastaba d'un autre fonctionnaire au nom de Nebkaouhor.
