La paix revenue Psammétique I leur offre des récompenses en échange de leur loyauté dans sa campagne de reprise du pouvoir, il leur donne aussi deux grandes parcelles de terre, "camps" (στρατόπεδα) de chaque côté de la branche pélusiaque (ou pélusienne) du Nil. Malgré l'antipathie des Égyptiens envers eux, les mercenaires et leur famille s'installent et fondent une colonie. Quelques années plus tard, en 570, le Pharaon Apriès (589-570) lance une expédition vers l'Ouest pour aider les tribus Libyennes contre les Grecs de Cyrène. Dans cette campagne il envoie une armée exclusivement Égyptienne et laisse ses mercenaires Grecs au repos. L'armée Égyptienne est massacrée par les Grecs de Cyrène. Il est accusé d’avoir favorisé les mercenaires Grecs et des troubles se produisent qui dégénèrent en guerre civile, entre les forces nationalistes et les mercenaires Grecs et Cariens.

Apriès - Musée du Louvre

Coupe en céramique Grecque

Peintre de Naucratis - v.560 av.J.C 

Musée du Louvre

   Il envoie son général, le futur Pharaon, Amasis (570-526) pour soutenir la révolte, mais Amasis renverse les rôles et se proclame Roi. Apriès est obligé de s'exiler. En dépit des années de conflit avec Babylone, il s'allie avec la cité et retourne en Égypte avec l'armée Babylonienne combattre son ex armée de mercenaires, composée de 30.000 Ioniens et Cariens, pour essayer de reprendre son trône. Malheureusement, son armée est défaite et il est tué dans la bataille, près de Terrana.

   Plusieurs versions existent sur la mort d'Apriès, toutes arguant le fait qu'il aurait été assassiné : Étranglé par la foule, tué dans la bataille par un soldat d'Amasis etc... Le nouveau Pharaon décide alors de fermer les "camps", mais il n'est pas hostile aux Grecs, loin de là. Il va se tourner volontairement vers leurs puissantes cités. Il passe alliance avec Cyrène, dont il épouse une des filles du Roi Battos II l'heureux (574-560).

   Il fait des cadeaux : À Delphes, 1.000 talents pour l'aider à la reconstruction du temple qui a été brûlé et à Samos. Afin de ne pas s'attirer des problèmes avec le peuple il lui faut résoudre le problème des colonies d'Ioniens et Cariens. Le Roi décide alors de concentrer ces derniers dans la ville de Naucratis, peuplée jusque là par des indigènes et quelques Phéniciens et il leur accorde des privilèges économiques et commerciaux importants.

   Il fait cela très probablement comme un moyen de contenir ces Grecs et concentrer leurs activités dans un lieu sous son contrôle. Dans la ville il y avait un quartier Égyptien nettement séparé du quartier Grec. Il reconnaît à la cité le statut de comptoir autonome doté de ses propres lieux de culte et il transfert à Memphis les colons militaires Ioniens où, selon Hérodote, ils étaient employés plus ou moins comme espion pour surveiller les Égyptiens. Naucratis va très vite prospérer, grâce à sa situation géographique à proximité de la capitale Saïs, mais aussi parce qu'il lui était facile de contrôler les allées et venues des navires Grecs qui franchissaient la barre du côté de l'actuelle Rosette (Rachîd).  

Amasis

Ägyptisches Museum - Berlin

Stèle en granit noir de Naucratis de Nectanebo I 

   C’est en effet par Naucratis que les Grecs achetaient à l'Égypte, du blé, du lin, des papyri, en échange ils leur vendaient, des céramiques, de l'huile, de l'argent et du vin... Durant l'époque Saïte, ce sera le plus vaste port Égyptien libre d’accès aux étrangers. Selon Hérodote, le sanctuaire fortifiée de la ville connu sous le nom Hellenion était en fait une entreprise coopérative financée par neuf villes Grecques d'Asie Mineure : Quatre Ioniennes : Chios, Clazomènes, Phocée et Téos, quatre Doriennes : Cnide, Halicarnasse, Phaselis et Rhodes et une Eolienne : Mytilène.

   Cette grande prospérité va naturellement attirer les convoitises, en premier celle des Pharaons qui y verront là le moyen de remplir les caisses de l'État par le truchement des impôts. Un de ceux qui en profite le plus est Nectanébo I (380-362, XXXe dynastie). Lors de sa réorganisation du pays, peu de temps après son arrivée au pouvoir en 380, il édicte de nouvelles lois par l'intermédiaire de décrets qui sont inscrits sur des stèles en granit, placées dans toutes les grandes cités du pays. Par un de ceux-ci, afin de s'assurer le soutien politique des Prêtres, il attribue au temple de Neith à Saïs un dixième de la dîme que collectait le comptoir Grec de Naucratis. Ce "décret de Naucratis" en fixait les taxes que chaque marchand étranger qui empruntait la branche Canopique du Nil, devait verser à la ville, ainsi que celles sur les produits fabriqués dans Naucratis.

   Assujettie à ce nouvel impôt la cité versera des sommes considérables au trésor pharaonique et à celui des Prêtres de Saïs. La stèle de Naucratis, découverte en 1899 dans la cité même, nous confirme comment cet argent fut récolté et affecté au temple de Neith de Saïs. Naucratis ne sera pas trop affectée lors de la nouvelle invasion Perse qui suivit, même si le commerce, notamment avec les cités Grecques d'Asie Mineure, n'était plus aussi important.

Nectanébo I - Musée du Louvre

    Avec la libération du pays par le Roi Macédonien Alexandre le Grand (336-323) elle reçoit le statut de cité Grecque. Sous le règne des Ptolémée qui suit le régime dans le pays reste la prolongation des Perses, avec des implantations de gouverneurs militaires, les affaires civiles étant laissées aux Nomarques Égyptiens sous la supervision d’un Grec d'Égypte : Cléomène de Naucratis. Ptolémée II Philadelphe (282-246) aura une activité de bâtisseur importante notamment à Alexandrie, mais aussi à Naucratis. Cependant, la fondation d'Alexandrie, qui va influer sur l'importance commerciale de Naucratis, et le déplacement du Nil, vont amorcer son déclin. La ville serait le lieu de naissance, au VIe siècle, du potier Amasis (Au même nom que le Pharaon), qui fut célèbre jusqu'à Athènes pour ses œuvres de poterie et de peinture à figures noires, typique de l'art Attique.