Les contacts entre les deux "maisons" rivalisant pour le pouvoir (XIIIe et XIVe dynastie) ont pu être à caractère militaire, comme l'attestent les sépultures de cette période à Avaris. Après ces hostilités initiales, un statu quo semble avoir été convenu et les deux branches ont coexisté paisiblement, se permettant l'accès à leurs territoires pour le commerce. Les premiers Rois de la XIVe dynastie, de ce fait, semblent avoir eu des règnes assez prospères. En dépit de leurs origines étrangères (Si c'est le cas) ils ont adopté la titulature royale traditionnelle, et ont incorporé le nom de Rê dans leurs propres noms de couronnement. Les égyptologues, dont Hans Wolfgang HelcK, pensent que ce fut probablement sous le règne de Sobekhotep IV (1712-1701) de la XIIIe dynastie, qu'une scission se produisit dans cette dynastie suite à des révoltes dans le Delta. Se côtoyèrent alors deux monarchies qui régnèrent en partie parallèlement aux derniers Rois de la XIIIe dynastie. Cette deuxième branche prit Khasout, qui deviendra la Xoïs des Grecs, pour capitale et contrôla la partie Ouest du Delta. On ne sait pratiquement rien de ses souverains qui étaient peut-être d'origine Cananéenne.

   Profitant de ces temps troublés et d'un pays divisé, des tribus nomades, essentiellement en majorité Amorrites selon certains spécialistes ou Hourrites selon d'autres, vont s'infiltrer lentement, mais en grand nombre, au Nord-est du pays. Ce peuple : Les Hyksôs, "heqa khâsout, Chefs ou Princes des Pays étrangers", exploite la faiblesse du Roi et le manque de pouvoir central, pour fonder une dynastie parallèle, la XVe par Salatis (1663-1649). Après avoir balayé les derniers souverains de la XIVe dynastie, Avaris devient leur capitale et, de là, ils vont étendre leur domination. Les Hyksôs adoptent les coutumes et les idéaux Égyptiens. Après la prise de Memphis, leur domination va s’exercer de diverses manières : Les Rois de la XVe dynastie ont un contrôle absolu, depuis Avaris, sur l'Est du Delta. Ils abandonnent le reste du Delta à des Chefferies asiatiques vassales. Quand à leur influence sur le reste du pays, deux théories s'opposent.

• La première : Ils installent des petits royaumes contrôlés par des Égyptiens collaborateurs en Moyenne-Égypte. Tous ces vassaux forment la XVIe dynastie (v.1652?-1540). Enfin, ils imposent leur autorité aux Rois de la XVIIe dynastie qui "contrôlent" la Haute-Égypte (Les huit premiers nomes situés entre Éléphantine et Abydos) en leur installant des garnisons aux endroits stratégiques. Ils vont même accentuer leur domination en passant alliance avec des Potentats Nubiens pour affaiblir les Thébains et unifier le pays à leur profit.

• La deuxième théorie, proposée par l'égyptologue, Kim Steven Bardrum Ryholt et soutenue, entre autre, par Jacques Kinnaer et Janine Bourriau, nous dit que la XVIe dynastie n'est pas une dynastie vassale des Hyksôs mais un royaume Thébain à part entière, avec environ 15 Rois de Haute-Égypte. Ils proposent l'histoire comme suit : Après l'effondrement des XIIIe et XIVe dynastie et la prise de Memphis par les Hyksôs (XVe dynastie), le vide de pouvoir en Moyenne et Haute-Égypte fut comblé par deux dynasties locales. En Moyenne-Égypte, une résiderait à Abydos ou Thinis. Son territoire ne se serait pas étendu au-delà des frontières du nome Thinite. On ne sait presque rien de son histoire. Cette dynastie n'aurait durée que 20 ans après le début de l'invasion des Hyksôs, ces derniers ayant réussi à la renverser.

   La deuxième dynastie locale, en Haute-Égypte, règne depuis la ville de Thèbes. Bien que les Rois de cette dynastie ne seraient attestés que principalement dans cette ville, leur influence se serait étendue vers le Nord de la Thébaïde et au Sud jusqu'à Edfou. C'est cette dynastie, que ces égyptologues nomment, XVIe dynastie et qui aurait régné entre 60 et 70 ans. Ces Thébains, cependant, ne furent pas non plus en mesure de résister à la pression toujours intense des Hyksôs et lors de la fin du règne du Roi Hyksôs Khyan (1621-1581), celui-ci aurait finalement réussi à conquérir Thèbes, mettant ainsi fin à la XVIe dynastie. Quelque soit la version retenue, dans les deux cas on voit que les Hyksôs n'auront jamais une véritable main mise sur la Haute-Égypte. La société depuis l’effondrement de l’unité du pays, s'est énormément militarisée et on assiste à la renaissance d'une tendance à la féodalité. Les Gouverneurs agissent en souverain dans leurs nomes et protègent leurs villes par des remparts et des garnisons. La fin de ce cahot viendra, comme ce fut déjà le cas lors de la Première Période Intermédiaire, justement par la ville de Thèbes, hostile à la domination étrangère. Les circonstances qui ont mené à l'indépendance de Thèbes ne sont toutefois pas claires et font encore aujourd'hui l'objet de débat.

   Un changement de rapport de force dans la XVe dynastie peut laisser entendre quelques ennuis de succession parmi les Hyksôs. Il est possible que les Thébains aient tiré profit de la situation, non seulement pour reprendre leur autonomie, mais aussi pour étendre leur domination vers des villes plus au Nord comme Abydos. Après la conquête de cette ville un statu quo paraît pourtant avoir été établi entre la XVe dynastie et la XVIIe dynastie et les deux belligérants semble même avoir eu quelques relations commerciales ?. Cette situation va durer au moins jusqu'au règne du Roi Thébain Sénakhtenrê (ou Taâ I, 1559-1558) qui serait le premier à avoir commencé une longue guerre de libération. Elle sera poursuivie par son fils Séqénenrê (ou Taâ II, 1558-1554), puis par le fils (ou le frère) de celui-ci, le Roi Kamosé (1553-1549), qui engage la lutte, à la fois dans le Nord contre le Roi Hyksôs Apopi I (1581-1541), mais aussi dans le Sud contre les Kouchites qui s'étaient emparés de la Basse-Nubie.

   Ce sera le Roi suivant, son frère ou neveu, Ahmès I (ou Ahmôsis, 1549-1525/24), fondateur de la XVIIIe dynastie, qui débarrassera définitivement le pays des Hyksôs avec la pise d'Avaris et la réunification du pays. Avec cette réunification commencera l'ère du Nouvel Empire. L'histoire de la reconquête du pays nous est connue par deux sources littéraires : Un conte, "la Querelle d'Apophis et de Séqénenrê" (Papyrus Sallier I, British Museum) et par le récit autobiographique d'un vétéran de cette guerre, Ahmès fils d'Abana, qu'il a fait graver sur les murs de son tombeau à El Kab, qui relate les dernières batailles. Les Égyptiens vont apprendre des guerriers Hyksôs, l'art de la guerre et l'utilisation du char, des cuirasses ou encore des cimeterres.