À la mort de Thoutmôsis I, Hatchepsout âgée d'une quinzaine d'années épouse son demi-frère Thoutmôsis II qui monte sur le trône. Les travaux de l'égyptologue Luc Gabolde sur les inscriptions des monuments nous permettent de mieux connaître l'équilibre des pouvoirs à cette époque. Cependant à la mort de son époux, n’ayant pas eu de fils avec lui, la succession revient à Thoutmôsis III. Comme il est très jeune, il a à peine 5 ans, Hatchepsout, Grande Épouse Royale, va prendre le pouvoir en qualité de Régente. Ce qui est à noter c'est que dans les documents, les années de règne de Thoutmôsis III sont l'unique décompte utilisé, Hatchepsout n'est jamais mentionnée. Selon une étude récente de l'ADN de Thoutmôsis II, celui-ci ne serait peut-être pas lié paternellement à la lignée principale de la XVIIIe dynastie au pouvoir depuis 1549, ce qui fait supposer à certains spécialistes que Thoutmôsis III ne serait pas son fils ?, idée qui est loin de faire l'unanimité.

 Dates et durée de règne

  Manéthon lui compte 12 ans et 9 mois de règne (Josèphe Flavius), mais il fait erreur sur cette durée, Thoutmôsis III est en fait au pouvoir presque 54 ans, du 24/4/1479 au 11/03/1425. Selon Nicolas Grimal, ces dates, de même que toutes les dates de la XVIIIe dynastie, peuvent cependant être contestables en raison des incertitudes sur les circonstances entourant l'enregistrement d'un lever héliaque de l’étoile Sothis sous le règne d'Amenhotep I (1525/24-1504). Incertitudes concernant l'endroit où il convient d'observer ce phénomène qui sert de point de repère pour la datation. En effet on l'enregistre à une date différente si on se trouve à Memphis où à Thèbes (entres autres). Un papyrus des annales du règne d'Amenhotep I note cette observation astronomique, ce qui fait que théoriquement, il pourrait être utilisé pour corréler la chronologie Égyptienne avec le calendrier moderne, mais pour ce faire, il nous faudrait connaître la latitude où l'observation a été prise en compte, hors nous n'avons pas à ce jour cette information.

   Les spécialistes pensent que cette observation fut faite, ou à Memphis, ou à Héliopolis, ou encore à Thèbes. Ces différentes latitudes vont donner les dates, avec plus de dix ans de différence, que l'on trouve entre les auteurs. Par contre comme le précise Donald Bruce Redford la longueur du règne de Thoutmôsis III, est connue avec certitude grâce à une information trouvée dans le tombeau d'Amenemheb, fonctionnaire de la cour. Selon James Henry Breasted, Amenemheb à enregistré le décès du Roi dans la 54e année de son règne et William Joseph Murnane précise que c'est le 30e jour du 3e mois de la saison Peret. Son très long règne n’est pas sans partage (trente-trois ans seul). Il sera évincé du pouvoir très jeune à la mort de son père par sa belle-mère Hatchepsout, Grande Épouse Royale. Il ne commencera son règne personnel qu’a la mort de cette dernière (An 22). À la fin de sa vie, durant les deux dernières années de son règne, il partage une nouvelle régence avec son fils Amenhotep II, tout à fait voulue cette fois.

               Un grand conquérant

   Thoutmôsis III est un grand conquérant, il est largement considéré comme un génie par les historiens militaires et, de ce fait, il est surtout remarqué pour ses activités guerrières, dont nous connaissons la chronologie grâce au mur dit "Des annales" qui entourait le sanctuaire d'Amon à Karnak, mais aussi grâce à son scribe royal et commandant de l'armée, Tjanouny (ou Tjenen ou Thanuny), qui décrit toutes ses conquêtes au cours de son règne. Dès sa prise de pouvoir, après la mort de la Reine Hatchepsout, Thoutmôsis III reprend la politique d‘expansion de son père. Il va porter le Nouvel Empire à son apogée. Il mène 16 (on trouve aussi 17) campagnes en vingt ans pour établir un contrôle total sur la Syrie/Palestine et une en Nubie pour consolider la domination Égyptienne.

   La première est en l'an 22/23, à la tête de dix mille soldats. Elle est faite pour écarter la menace que faisait peser une coalition de Princes Syriens, autour du Prince de Kadesh (ou Qadesh), soutenue par le Mitanni. Selon Georg Steindorff, le Roi aurait craint une invasion dirigée par les descendants des Rois d'Avaris, les textes de l'époque parlent eux plus d'une action dans le but d'agrandir les frontières du pays. L’armée Égyptienne part de Memphis le 25e jour, du 4e mois, de la saison Peret, de l'an 22, et atteint Gaza en à peine dix jours (Près de 300 km), où elle cantonne afin de se réapprovisionner.

   Puis, dès le lendemain, elle reprend sa progression et onze jours plus tard, après une marche de 117 km, elle arrive à Yehem (ou Yemma au pied du Mont Carmel), nous sommes le 16e jour, du 1er mois de la saison Shemou, de l'an 23. L'histoire ne dit pas si la ville résiste ou pas, quoi qu'il en soit elle ouvre ses portes au souverain Égyptien. Le Roi apprend alors que la coalition ennemie est stationnée dans la ville de Megiddo, à 30 km au Nord de sa position. À ce moment deux solutions s'offrent à lui, passer au plus court par le dangereux défilé d'Arouna ou faire un détour par le Sud. Malgré une armée éreintée et contre l'avis de son état-major le Roi choisit l'option la plus dure, mais aussi celle que ces ennemis sont loin de se douter qu'il prenne.

   Trois jours après, Thoutmôsis III arrive à Arouna, la passe n'est pas gardée, ou du moins pas suffisamment, et les Égyptiens s'en rendent maître rapidement. Dès le lendemain (14/15-04-1457) à l'aube, ils arrivent sous les murs de Megiddo où l’ennemi est cantonné. Sans attendre, ils lancent une attaque contre la coalition. C'est la débâcle parmi les troupes adverses, celles-ci abandonnent leur équipement, char, or, argent, tentes etc.. et s'enfuient se réfugier dans la cité. Cette première victoire de Thoutmôsis III est due en partie à sa position stratégique sur le terrain. Les Égyptiens, déployés de chaque côté de la rivière Kyna, étaient en surnombre et sur une hauteur. Sur ce terrain les chars de la coalition n'étaient d'aucune utilité, de plus du fait de la disparité des peuples qui la composait, qui ne parlaient sûrement pas tous la même langue et n'étaient pas habitués à manœuvrer ensemble, il lui fut difficile de réagir rapidement.

   Les Égyptiens étaient en très net avantage, cependant leur manque d'expérience dans les assauts de cités fortement murées fait qu'ils ne parviennent pas à prendre la ville. Thoutmôsis III décide alors d'y mettre le siège en faisant encercler la cité par de larges fossés. La dernière récolte ayant été confisquée par les Égyptiens, après un siège de sept mois la ville finit par se rendre pour ne pas mourir de faim. Sa reddition livrera la Palestine à Thoutmôsis III. Le compte rendu des batailles, rédigé par Tjanouny (ou Tjenen ou Thanuny), le scribe de l'armée, fut consigné dans une longue inscription que le Roi fit graver sur les parois du temple d’Amon-Rê à Karnak : Un texte de 225 lignes, chacune mesurant 25 mètres de long, que les historiens appellent les Annales de Thoutmôsis III.

   Tous les souverains et Princes de Syrie envoyèrent des présents à Thoutmôsis III en guise d'allégeance, même le Roi d'Assyrie Nur Ili (1464-1454) lui envoya des cadeaux somptueux. Ce dernier en effet était menacé par les Mitanniens et espérait la protection Égyptienne. Thoutmôsis III poursuit ensuite vers Tyr, puis il brisera au cours des trois campagnes suivantes, de l'an 24 à l'an 29, la branche occidentale de la coalition avec la prise de Kadesh. L'Égypte possède alors le contrôle des ports de la Méditerranée jusqu'à Arvad (ou Arwad ou Arouad) en Syrie. Lors de la deuxième campagne, le tribut comporte une Princesse accompagnée de 95 personnes, ainsi qu'entre autres, 10 chars et 103 chevaux.

   Les Égyptiens atteignent et occupent Qatna à l'Est de l'Oronte, fait mentionné sur le septième Pylône du temple d'Amon à Karnak, puis franchissent le fleuve en prenant, lors d'une bataille navale, les troupes de l'Empereur Mitannien Parsashatar (v.1450-v.1440) entièrement par surprise. Il semble que les Mitanniens ne s'attendaient pas à une invasion à cet endroit, de sorte qu'ils n'avaient pas d'armée prête à se défendre contre une force comme celle de Thoutmôsis III. Bien que leurs navires sur l'Euphrate essayent d'interdire le passage aux Égyptiens, Thoutmôsis III remonte vers le Nord. Il peut alors librement essaimer de ville en ville qu'il pille. Il ravage la région d'Alep et de Karkemish, tandis que les nobles indigènes se cachent dans des cavernes (C'est ainsi que les documents Égyptiens ont choisi d'enregistrer ces faits).

   Pendant cette période, où aucune opposition ne vient déranger le souverain Égyptien, il fait mettre en place une stèle commémorant sa seconde traversée de l'Euphrate, à côté de celle que son aïeul Thoutmôsis I (1504-1492), avait mise en place plusieurs décennies plus tôt. Puis Thoutmôsis III repasse à l'Ouest et retourne sur l’Oronte à la hauteur de Niya (ou Niye ou Niy, cité-État au Nord de la Syrie), alors qu'Alep restait la place forte la plus avancée du Mitanni. À Niya il reçoit l'hommage des puissances étrangères, même Babylone et les Hittites viendront lui apporter des cadeaux. Il semble que ce soit à cette période que les Égyptiens signent un traité à Kurustama pour la déportation de montagnards Gasgas en territoire Égyptien. Le Roi se permet aussi d'organiser une chasse à l’éléphant, comme devait l'avoir fait avant lui Thoutmôsis I, puis il rentre par voie de terre en Égypte après avoir garanti le ravitaillement des ports Phéniciens.