Les nouvelles analyses faites par scanner, le 6 Janvier 2005, confirmaient la mort à un âge entre 18 à 20 ans, ce qui correspondait au précédentes estimations scientifiques de l'Institut Douglas E.Derry, faites par l'anatomiste et radiologue Robert G.Harrison, le chirurgien-dentiste et biologiste Frank Filce Leek et l'égyptologue Renate Germer. La proposition d'une mort à un âge entre 23 à 27 ans, faites par quelques égyptologues comme, Marc Gabolde, Edward Frank Wente et James Edward Harris, se trouvait donc réfutée. À la surprise générale, ces analyses révélaient aussi une fracture, non détectées auparavant, de l'os de la cuisse gauche. Elles laissaient supposer que Toutânkhamon serait mort des suites d'une infection généralisée provoquée par une plaie à cette jambe. De ce nouveau fait, la conclusion allait maintenant sur la thèse de l'accident et apportait la preuve que le jeune Roi n'avait pas été assassiné. La plupart des égyptologues pensèrent que cette fracture avait été faite lors d'un accident de chasse. L'extravagant Zahi Hawass avait approuvé cette thèse et vigoureusement nié la théorie de l'assassinat, ce qui contrastait nettement avec ses déclarations antérieures.

   Après une enquête plus approfondie des images aux rayons X, le radiologue Richard Boyer avait conclu que Toutânkhamon souffrait également d'une importante scoliose. Cependant, l'enquête effectuée par tomographie assistée par ordinateur de 2005 n'a pas pu confirmée cette scoliose, mais émis l'hypothèse que la colonne vertébrale avait une légère déformation incontestable sûrement causée par le processus de momification. Le 17 février 2010, la même étude que pour établir la vérité sur sa filiation allait redonner raison à Boyer et nous révéler aussi les conditions exactes de la cause de son décès.

   Le jeune Roi avait hérité de nombreuses tares génétiques de ses parents. Notamment ce que Boyer avait pris pour une scoliose était en fait le syndrome de Klippel-Feil, qui est une maladie rare congénitale provoquant une malformation de la colonne cervicale, résultant en une fusion des vertèbres cervicales. Le Roi avait aussi une déformation osseuse des pieds, la maladie de Köhler Albau, une ostéonécrose au pied gauche qui devait lui rendre la marche difficile. Ce diagnostic est confirmé par la présence de canes et d'une boîte à pharmacie trouvées dans sa tombe. Il semblait ainsi préparé pour combattre sa maladie dans l'au-delà.

   Mais ces analyses révélèrent surtout qu'il était paludéen au dernier degré. De l'ADN du parasite Plasmodium falciparum a été retrouvé dans sa momie et dans celles de trois autres membres de sa famille. Toutânkhamon est donc probablement mort de paludisme combiné à une affection osseuse et à une constitution physique, semble t-il, déjà très fragile à la suite d'une fracture.

Le Dr Pusch souligne : "Toutânkhamon semble avoir souffert de la forme la plus grave de paludisme, la malaria tropica, causée par le Plasmodium falciparum...... L'association de cette infection avec la nécrose osseuse pourrait avoir été fatale"

Les chercheurs de l'Institut de Médecine Tropicale Bernhard Noch soupçonnent que le Roi serait mort d'une drépanocytose, également appelée hémoglobinose S, ou anémie à cellules falciformes, qui est une maladie héréditaire qui se caractérise par l'altération de l'hémoglobine la protéine assurant le transport de l'oxygène dans le sang.

   Le monde de l'archéologie est partagé par ces annonces, entre l'espoir d'une percée historique et sur le caractère encore aléatoire des analyses. Comme le précise l'égyptologue Pascal Versus : "Qu’il soit mort du paludisme, reste encore à prouver, car on peut être porteur sain de la maladie. En revanche, les découvertes sur les carences osseuses de Toutânkhamon sont une véritable avancée !". Abdel Halim Noureddine, professeur d'archéologie à l'Université du Caire nous dit : "Les tests ADN en archéologie ne sont pas suffisants" .... "Il faut d'autres preuves archéologiques qui nous permettent d'établir avec certitude la généalogie et l'état physique de Toutankhamon". Michel Wuttmann, de l'Institut Français d'archéologie orientale (IFAO), au Caire, espère néanmoins que ces études permettront de progresser dans le domaine de l'utilisation de l'ADN.