La plupart des spécialistes conviennent que les Philistins ne sont pas des autochtones des régions Israël / Palestine que la Bible décrit. Celle-ci contient environ 250 références à la Philistia ou Philistins et se réfère à plusieurs reprises à la différence des peuples sémitiques, comme les Cananéens, que la Bible fait rencontrer les Israélites suite à l'Exode. (Voir, par exemple, 1 Samuel 17:26, 17:36, 2 Samuel 1:20; Juges 14:3). Il a été suggéré que les Philistins font partie de la grande confédération navale des Peuples de la mer, qui a déferlé vers 1200 av.J.C, venant de Crète et des îles de la mer Égée et des rives de la Méditerranée et qui a attaqué à maintes reprises l'Égypte.

   Même s'ils ont finalement été repoussés par le Pharaon Ramsès III (1184-1153), ils se sont quand même réinstallés, selon la théorie, dans les villes côtières de Canaan qu'ils ont reconstruites. Israël Finkelstein suggère qu'il a fallu une période de 25-50 ans entre la libération des villes et leur réoccupation par les Philistins. Le livre d'Amos (Livre de la Bible Hébraïque, rédigé vers 800 av.J.C) qui est un texte biblique fondé sur une des sources les plus anciennes fait venir les Philistins de "Caphtor". En admettant que ce texte soit bien un des plus précoces de la Bible, il se situe cependant environs 350 ans après l'installation des Philistins dans le Sud-ouest de Canaan. Sa fiabilité concernant des évènements du XIIIe siècle est donc relative. Il y a de plus un autre problème, c'est que la localisation de Caphtor est inconnue. Il a été proposé, mais sans preuve, que le terme soit l'équivalent de l'Égyptien Keftiu, qui désignait un pays imprécis dans le Nord (Chypre, la Crète ou Cilicie en Asie Mineure). Le sujet reste donc débattu, qu'il soit un des Peuples de la mer et plus particulièrement les Peleset est pratiquement admis par tous, mais d'où venait ce peuple ?

   Il y a guère de documents mentionnant ce peuple qui aient survécu. Un début de preuve d'une origine Crétoise nous vient d'un pictogramme trouvé sur le Disque de Phaistos (Disque d'argile cuite, qui est l'une des trouvailles les plus importantes datant de l'âge du bronze de l'île). Il date probablement du XVIIe Siècle av.J.C. Il y apparaît plusieurs fois des similitudes avec la coiffe des Peleset un des Peuples de la mer représentés sur le reliefs du temple funéraire de Ramsès III à Médinet Habou. Cependant certains chercheurs pensent que la coiffe serait d'origine Carienne.

   En 2007, les professeurs, Frank Moore Cross et Lawrence E.Stager ont découvert des sceaux à Ascalon (ou Ashkelon) qui portent des inscriptions les mentionnant en Minoen ce qui confirmerait l'hypothèse d'une origine Égéenne. Une autre hypothèse les donne d'origine Anatolienne, du Sud et de l'Ouest des côtes, certains spécialistes avancent même de Lydie (Toujours en se basant sur les coiffes). Les contradictions entre les deux théories pourraient, peut-être, être résolues par l'affirmation d'Hérodote (Historien Grec, v.484-v.425) selon laquelle les Cariens et les Lydiens venaient de Crète. Toutefois la valeur historique de cette tradition est grandement considérée comme douteuse.

   Deux autres textes Égyptiens contenant leurs traces sont, l'Onomasticon d'Aménopé (XXe dynastie, mais le texte date de la XXIIe dynastie) et le Papyrus Harris I, un résumé du règne de Ramsès III écrit sous celui de Ramsès IV (1153-1147). Malgré ce qu'en disent les textes, où les Peuples de la mer auraient été anéanti totalement par le Pharaon, les Philistins occupent les cinq villes : Ascalon(Ashkelon), Ashdod (ou Asdod), Ekron (ou Éqrôn ou Tel Mikne ou Tél Miqne), Gath et Gaza le long de la bande côtière du Sud-ouest de Canaan, qui appartenaient à l'Égypte. Puis dans leur tentative de pénétration à l'intérieur du pays, les Philistins se heurtent aux Hébreux qui s'installaient alors en Terre promise.

   Les récits bibliques de Samson, Samuel, Saül (1030-1010) David (1010-970) comprennent les comptes de conflits Philistins contre Israélite. Les villes Philistines étaient gouvernés par un Seranim (סְרָנִים, "Seigneurs"), qui agissait de concert pour le bien commun, mais on ne sait pas, sans sources littéraires, dans quelle mesure les Philistins avaient un sentiment d'une "nation". Dans un premier temps l'avantage est aux Philistins qui remportent des victoires, mais le Roi David réussit à arrêter définitivement leur avance. Après leur défaite, des Rois remplacent le Seranim, et régissent différentes villes. Certains de ces Rois Philistins sont appelés Abimelech (ou Abimelek, en Hébreu : אֲבִימֶלֶךְ|אֲבִ ימָלֶךְ), qui était au départ un nom commun et, plus tard, devient un titre dynastique.

   Leurs cités vont dominer le territoire jusqu'en 732, date à laquelle l'Empereur d'Assyrie Téglath-Phalasar III (ou Tiglath-Pileser, 745-727) va conquérir la région. Toutes les révoltes au cours des années suivantes vont être écrasées. Cependant après cette date, les cités-États semblent conserver une certaine autonomie sous le règne Assyrien, qui parait même avoir favorisé leur prospérité. Elles conservent en tout cas un rôle de cité commerçante important. Dans les anales de Téglath-Phalasar III ce dernier qualifie Gaza, terminus traditionnel des pistes du désert de “poste de douane de l'Assyrie”. Toutes les marchandises à destination de l'Égypte passaient par ses villes, ce qui en faisait une zone d'échanges entre l'Afrique et le Moyen-Orient très importante. Vers 700, après la guerre entre l'Empereur d'Assyrie Sennachérib (705-681) et le Roi de Juda Ézéchias (727-687) les meilleures terres agricoles de la Shefelah furent données par les Assyriens vainqueurs aux cités-États de Philistie. C'est surtout Ekron (ou Éqrôn ou Tell Miqne) qui a particulièrement bénéficié de la conquête Assyrienne où elle est devenue un centre de production d'huile d'olive d'une dimension considérable. On y a découvert plus d'une centaine de pressoirs à olives, plus que n'importe où ailleurs dans le pays.

Bas relief montrant des prisonniers Philistins sur la     façade Sud du deuxième pylône du temple funéraire de Ramsès III Photo avant retouche : Wikipédia