L’histoire, de la guerre contre les Hyksôs, telle qu’elle est relatée dans le papyrus Sallier, n’est de toute évidence pas une source historique très fiable, se rapprochant plus d’une fiction. Toutefois son existence signifie que la mémoire populaire avait conservé des traces d’un conflit entre Séqénenrê et les Hyksôs. La tradition littéraire prétend que c’est Séqénenrê qui est venu au contact contre son contemporain Hyksôs du Nord, Apopi I. Cette tradition a pris la forme d’un conte recopié sur le papyrus Sallier et intitulé : "La querelle d’Apopi I et de Séqénenrê",  qui est aujourd’hui au British Museum. Malheureusement, il nous est parvenu de manière très fragmentaire. Le texte rapporte un échange curieux entre le Roi Hyksôs régnant depuis la ville d’Avaris dans le Delta et le celui de Thèbes.

 
   Apopi I demande à Séqénenrê de chasser les hippopotames de son étang, car leurs bruits l’incommodent et l’empêchent de dormir la nuit. Compte tenu de la distance entre Avaris et Thèbes, ce message ne peut avoir qu’un sens symbolique. Il s’agissait sûrement pour Apopi I de faire comprendre à Séqénenrê qu’il était son vassal. Selon Gaston Maspero, la conclusion de cette histoire serait que Séqénenrê, après avoir hésité longuement, réussit à se tirer du dilemme embarrassant où son puissant rival prétendait l’enfermer en lui déclarant la guerre. La signification de la mort au combat de Séqénenrê peut-être, sans plus d’élément, interprétée de deux façons : Soit Séqénenrê a tenté de reconquérir le Nord, mais il est mort au combat, soit il a été attaqué lui-même et vaincu.
 

Ses constructions

 
   L’activité de bâtisseur de Séqénenrê est assez réduite du fait de la durée relativement courte de son règne et ne permet pas la construction de nombreuses structures monumentales, mais on sait qu’il a érigé un nouveau palais en briques crues à Deir el-Ballas à 40 kilomètres au nord de Thèbes. Sur une colline surplombant la rivière adjacente, ont été trouvées les fondations d’un bâtiment qui, selon Ian Shaw, était presque certainement un poste d’observation militaire. Fait intéressant, une quantité relativement importante de poterie dite de Kerma, fut trouvée sur le site, indiquant qu’un grand nombre de Nubiens issus de cette ville résidaient à cet endroit. Ian Shaw pense qu’ils étaient là en tant qu’alliés de Séqénenrê dans ses batailles contre les Hyksôs.
 

Sa sépulture, sa momie

 
   Son tombeau, dont le sarcophage est un chef-d’œuvre, se trouve à Dra Abou el-Naga, sous une petite pyramide, mais sa momie fut retrouvée dans la cachette de la tombe DB320 de Deir el-Bahari, découverte en 1881. La momie fut étudiée une première fois par Gaston Maspero, le 9 Juin, 1886. Une description de l’égyptologue rend compte des blessures qui auraient provoqué la mort du Roi. En effet de nombreuses lésions sont visibles sur sa momie, ce qui semble confirmer que le Roi fut impliqué dans quelques activités militaires.
 
   Elle est l’élément le plus célèbre concernant le Roi, qui a visiblement été embaumé précipitamment après une mort très violente. L’examen au Rayons X de la momie, fait à la fin des années 1960, montre que le Roi serait mort au alentour de l’âge de 35/40 ans et que rien n’avait été fait pour enlever le cerveau ou ajouter des linges à l’intérieur du crâne ou des yeux, comme c’était la pratique normale d’embaumement pour l’époque.
 
   La momie a fait depuis l’objet d’études très poussées de la part de médecins légistes, qui ont permis de découvrir que le Roi ne serait peut-être pas mort pendant la bataille. Il avait été apparemment poignardé derrière une oreille avec un couteau ou une épée. Sa joue et son nez avaient été cassés et les grandes blessures évidentes au-dessus de l’œil droit et sur son haut du front auraient été infligées avec une hache de guerre Hyksôs similaires à certaines qui ont été découvertes à Tell el-Dab’a. Tous ces dommages sont cependant conformes au genre de blessures de champ de bataille. Aidan Marc Dodson, se rapportant à un examen récent de la blessure derrière l’oreille du Roi, a indiqué que celle-ci avait commencé à guérir avant la mort du souverain et donc que Séqénenrê l’avait bien reçue avant celles infligées à la tête.
 
   Dodson mentionne donc la possibilité que le Roi ait pu avoir été blessé dans la bataille et ensuite assassiné tandis qu’il était en phase de guérison. Selon Ian Shaw, compte tenu de l’angle de la blessure au cou, éventuellement causée par un coup de poignard, il est fort probable que le Roi était couché quand les coups mortels furent frappés. En outre, on constate l’absence de blessures aux bras ou aux mains, qui devraient être là si la victime s’était activement défendue. Grafton Elliot Smith, en 1912, avait déjà proposé que la théorie du Roi mort dans la bataille contre les Hyksôs, devait être remplacée par celle où il aurait été tué pendant son sommeil, du fait que (Qu’elle que soit la circonstance) les sources s’accordaient à dire qu’il était couché sur le côté droit lorsqu’il il fut attaqué et que les derniers coups mortels furent frappés. Séqénenrê mesurait 1.70 m et avait les cheveux brun bouclés et épais.

▪ Ahmès-Néfertari I (ou Ahmosé-Néfertari – JaHms Nfr trj – “Le Dieu lune (Iâh) l’a engendré, La plus belle de toutes”) qui sera la mère d’Ahmès-Méritamon (ou Ahmosé-Méritamon) qui deviendra la Grande Épouse Royale de son frère Amenhotep I. Cette dernière ne doit pas être confondue avec sa tante Ahmès-Méritamon, ci-dessous.
 
▪ Ahmès-Nebetta (ou Ahmosé-Nebetta – JaHms Nbta – “Le Dieu lune (Iâh) l’a engendré, Dame de la Terre”). Elle portait les titres : Fille du Roi (sAT-nswt-nt) et Sœur du Roi (snt-nswt). Joyce Anne Tyldesley pense qu’elle pût être une épouse secondaire d’Ahmès I. Elle est nommée sur une statue du Prince Ahmosé-Sipair aujourd’hui au musée du Louvre (E 15682). Les filles de Iâh-Hotep I eurent toutes des noms commençant par Ahmès, d’où une confusion pendant un certain temps. Quelques spécialistes, dont Michel Gitton, pensent qu’une statue d’une Princesse au musée du Louvre (N 496) identifiée en tant que "Fille du Roi, Sœur du Roi et Fille de la Reine Iâh-Hotep I" peut lui être attribuée. Ahmès-Nebetta est représentée dans le tombeau, à Deir el-Médineh, d’Inherkhâou (TT359), “Contremaître du Seigneur des Deux Terres de la Place de Vérité”, sous les règnes de Ramsès III (1184-1153) et Ramsès IV (1153-1147). Elle est indiquée dans la rangée du haut derrière Ahmès-Toumerisi (ou Ahmosé-Tumerisy), sa sœur et en face de son frère, Ahmès-Sipair (ou Ahmosé-Sipair ou Ahmosis Sapair).
 
▪ Ahmès-Toumerisi (ou Ahmosé-Tumerisy – JaHms Twmrisj). Elle portait les titres : Fille du Roi (sAT-nswt-nt) et Sœur du Roi (snt-nswt). Son nom est connu de son cercueil, qui est aujourd’hui au musée de l’Ermitage. Sa momie fut retrouvée dans la fosse MMA 1019 à Sheikh Abd el-Gourna (ou Cheikh Abd el-Gurna). Ahmès-Toumerisi est représentée dans le tombeau à Deir el-Médineh d’Inherkhâou (TT359), “Contremaître du Seigneur des Deux Terres de la Place de Vérité”, sous les règnes de Ramsès III (1184-1153) et Ramsès IV (1153-1147). Elle est indiquée dans la rangée du haut devant Ahmès-Nebetta (ou Ahmosé-Nebetta), sa sœur et en face de son frère, Ahmès-Sipair (ou Ahmosé-Sipair ou Ahmosis Sapair).
 
▪ Ahmès-Hénoutemipet (ou Ahmosis Henutempet ou Ahmosé-Henutemipet – JaHms Hnw.tmipt), par ailleurs fille de Satdjéhouti (ou Sathedjhotep), lui est attribuée par quelques spécialistes. Voir ci-dessous.
 

● Satdjéhouti (ou Sathedjhotep ou Sit-Djehuti ou Sitdjehuti ou Satdjehutisatibu ou Sitdjehutisitibu – SAt ©Hwty – "Fille de Thot") qui fut sûrement sa sœur ou sa demi-sœur. Sa momie fut découverte vers 1820, avec son cercueil, le masque d’or, un scarabée de cœur et un drap donné par sa nièce la Reine Ahmès-Néfertari. Le linge était inscrit avec le texte: "Donné à la faveur de l’Épouse du Dieu, Épouse du Roi et Mère du Roi Ahmès Néfertari peut-elle vivre". Son couvercle de cercueil est aujourd’hui au Musée de Munich, tandis que son masque funéraire se trouve au British Museum. Sur son sarcophage, elle se dit être la fille de Tétishery. Elle est mentionnée sur le linceul de la momie de sa fille, Ahmose (ou Ahmosis), qui fut trouvé dans la vallée des Reines (Tombe QV47). Ahmosis y est appelé Fille du Roi et de la Sœur du Roi. Ces dénominations stipulent qu’elle était bien la fille de Séqénenrê et Satdjéhouti. Satdjéhouti portait les titres : Épouse du Roi (hmt-nswt) ; Fille du Roi (sAt-nswt) ; Sœur du Roi (snt-nswt).
Elle donna un ou deux enfants à Séqénenrê, deux filles :

▪ Ahmose (ou Ahmosis – JaHms) qui fut enterrée dans la tombe QV47 de la vallée des Reines.
 
▪ Ahmès-Hénoutemipet (ou Ahmosis Henutempet ou Ahmosé-Henutemipet – JaHms Hnw.tmpt) dont la momie se trouvait dans la tombe DB320 de Deir el-Bahari. Elle est aujourd’hui au musée Égyptien au Caire. Elle fut examinée par Grafton Elliot Smith en Juin 1909. Hénoutemipet est morte sûrement âgée car elle avait les cheveux gris et les dents usées. Elle portait les titres : Fille du Roi (sAT-nswt) et Sœur du Roi (snt-nswt). Sa momie est très endommagée, probablement du fait des pilleurs de tombe. Quelques spécialistes la compte comme une fille de la Reine Iâh-Hotep I (ou Ahhotep I).

 
● Ahmès-Inhâpy (ou Ahmose-Inhapi – JaH ms JnHapj), sa demi-sœur, lui est aussi très souvent attribuée par les spécialistes. Elle est mentionnée dans une copie du Livre des Morts possédée par sa fille et dans le tombeau d’Amenemhat (TT53), Intendant du Temple d’Amon. Sa tombe (QV47) se trouve dans la vallée des Reines, mais sa momie fut retrouvée dans la cachette de la cachette de la tombe DB320 de Deir el-Bahari, découverte en 1881 et se trouve aujourd’hui exposée au musée Égyptien du Caire. Elle n’eut à notre connaissance qu’une fille avec Séqénenrê :

▪ Ahmès-Hénouttamehou (ou Ahmosé-Henuttamehu ou Ahmès-Henut-Tamehu – JaH ms Hnw.t-tA-mHw  "Le Dieu lune (Iâh) l’a engendré, Maîtresse [Souveraine] de la Basse-Égypte"), dont la momie se trouvait également dans la cachette de la tombe DB320. Elle fut examinée par Gaston Maspero en Décembre 1882. Hénouttamehou était une femme âgée lorsqu’elle mourut, avec les dents usées. Des citations du Livre des Morts étaient écrites sur les bandages de sa momie. Elle a probablement au début été enterrée avec sa mère. Elle portait les titres : Fille du Roi (sAT-nswt) ; Sœur du Roi (snt-nswt) et Épouse du Roi (hmt-nswt), ce qui fait penser à certains spécialistes, dont Aidan Marc Dodson qu’elle fut une épouse de son demi-frère, Ahmès I (ou Ahmôsis, 1549-1525/24), premier Roi de la XVIIIe dynastie.